persbericht / nr. 2001-16, 29 augustus 2001
Plant Research International versterkt positie `DNA-chips'
Contract met PamGene getekend voor ontwikkeling en gebruik
doorstroom-arrays
Plant Research International B.V., PamGene B.V. en de firma Whatman
hebben een contract voor vier jaar getekend voor de verdere
ontwikkeling van toepassingen van de zogeheten PamChip(TM). Dit
nieuwe type microarray (`DNA-chip') biedt nieuwe mogelijkheden voor
de toepassing van microarrays. De reactietijd is aanzienlijk
korter, de reactie kan in de tijd gevolgd worden, veel kleinere
hoeveelheden DNA of RNA kunnen aangetoond worden en ook mutaties
kunnen eenvoudig aangetoond en gebruikt worden. Met de overeenkomst
beoogt Plant Research International zijn positie in de
genomics-markt verder te versterken. Vanwege de eigenschappen van
de MAP-microarrays zal Plant Research International in eerste
instantie toepassingen gaan ontwikkelen die gericht zijn op het
bepalen van de aan- of afwezigheid van ziekten en plagen in
plantmateriaal.
De PamChip is afkomstig van de firma PamGene in Den Bosch. De `chip'
ontleent zijn bijzondere eigenschappen zijn driedimensionale
structuur. De micoarrays bestaan uit duizenden capillairs naast
elkaar, van ieder een paar millimeter lang. De wanden van deze
capillairs worden met een speciale printer in groepjes van duizenden
capillairs voorzien van de spiegelbeelden van de DNA- of RNA-moleculen
waarvan de aanwezigheid in monsters onderzocht moet worden. Door de
grote hoeveelheid capillairs onstaat zo een heel groot
reactieoppervlak: 500 vierkante centimeter per vierkante centimeter
`DNA-chip'.
De capillairs functioneren daarna als `doorstroomcuvettes': het
monster dat onderzocht moet worden, wordt door de capillairs gepompt,
waarbij de DNA of RNA-moleculen uit het monster alleen blijven plakken
in de capillairs waarin hun spiegelbeeld is aangebracht. Doordat de
moleculen in het monster gekleurd zijn, kan na de reactie gemeten
worden welke moleculen in het monster aanwezig zijn.
Door het gebruik van een driedimensionale structuur en de mogelijkheid om de reactie gedurende de tijd te volgen, kunnen zeer specifieke DNA fragmenten en zeer kleine hoeveelheden DNA worden onderzocht en aangetoond. De analyses gaan met de PamChip daarnaast veel sneller dan bij andere micro-arraytechnieken: 1 uur in plaats van 24 uur.
Met één microarray kan een monster snel en nauwkeurig worden onderzocht op de aanwezigheid van hele kleine hoeveelheden erfelijk materiaal vele verschillende ziekten en plagen zoals schimmels, bacteriën, virussen en nematoden. Plant ResearchInternational verwacht daarom dat de techniek aantrekkelijk kan zijn voor het gebruik bij
fytosanitaire toetsen in de export. Daarnaast kunnen de chips worden ingezet om in de teelt de gezondheidtoestand van grond of substraat te bepalen en eventuele ziekteverwekkers te identificeren. Daarmee kunnen telers vroegtijdig maatregelen nemen waardoor chemische bestrijding zo veel mogelijk voorkomen kan worden. De chips kunnen daarmee een belangrijk hulpmiddel worden voor de verwezenlijking van het beleid van de overheid, dat gericht is op het zo ver mogelijk terugdringen van het gebruik van chemische gewasbeschermingsmiddelen.
Plant Research International zal voor deze twee toepassingen de
mogelijkheden gaan onderzoeken en ontwikkelen. Daarbij zal in eerste
instantie gewerkt worden aan fytosanitaire toetsen voor chrysant en
tomaat.
Voor Plant Research International zijn de nieuwe microarrays ook een
uitstekende tool voor het onderzoek. De analyse kan in de tijd
gestuurd en gevolgd worden. Daardoor is het bijvoorbeeld mogelijk om
mutaties in genen op het spoor te komen. Dat betekent dat -het
ontstaan van - bepaalde mutaties bij ziekteverwekkers aantoonbaar en
meetbaar worden.
De derde partner in de samenwerking, de firma Whatman , levert de
technologie voor effectieve isolatie van DNA. Bij deze technologie
wordt op één en dezelfde drager zowel de extractie van het DNA als de
chemische opwerking van het DNA uitgevoerd.