46N 20 december 2001
DSM brengt DNA-volgorde van Aspergillus niger genoom in kaart
DSM maakt bekend dat het erin is geslaagd de DNA-volgorde van de schimmel Aspergillus niger volledig in kaart te brengen. Deze belangrijke prestatie vormt de eerste stap van een van de belangrijkste industriële genoomprojecten in Europa, waarmee DSM zich positioneert als een van Europa's leidende biotech-bedrijven. In dit project worden verscheidene technieken geïntegreerd, waaronder high-throughput DNA sequencing, DNA-micro-analyses, proteomica, metabolomica en bio-informatica. Feike Sijbesma, lid van de Raad van Bestuur van DSM, gaf in een toelichting aan dat Aspergillus niger een voor DSM zeer belangrijk productie-organisme is.
Joop Roels, voorzitter van de Life Sciences R&D Council van DSM, vult aan: "Het bepalen van de DNA-volgorde van A. niger was voor DSM en zijn partners geen eenvoudige taak, want het genoom is bijna drie keer zo groot als dat van bakkersgist. Voor het ontrafelen van de DNA-code van A. niger moesten uiteindelijk meer dan 13.000 genen worden geïdentificeerd, verborgen in zo'n 34,5 miljoen basenparen, en dat is in een opmerkelijk korte tijd gelukt."
Versnelde ontwikkeling
Toen DSM het project in juli 2000 opzette, was nog maar 12 % van de A. niger genen bekend. De nauwkeurigheid van de bepaalde DNA-volgorde (die van cruciaal belang is voor een juiste interpretatie van de complexe gegevens) werd gegarandeerd door een achtvoudige "coverage" van de complete DNA-sequentie en door het gebruik van computermodellen voor het voorspellen en verifiëren van sequenties. Inzicht in de DNA-volgorde van A. niger leidt tot een beter begrip van het fysiologische gedrag van dit organisme en zal de ontwikkeling van additionele analysetechnieken zoals proteomica versnellen. Op basis van de resultaten kunnen nu DNA arrays (kleine glasplaatjes waarop in fijne rasters duizenden minuscule druppeltjes genetisch materiaal zijn aangebracht) worden ontworpen waarmee de complexe relaties tussen de processen in een levende cel op moleculair niveau kunnen worden bestudeerd.
"Als we de mechanismen die ten grondslag liggen aan de expressie van genen in bepaalde enzymatische productieprocessen beter begrijpen, kunnen we de activiteiten van afzonderlijke enzymen beter op elkaar afstemmen, zodat we onze producten kunnen aanpassen aan de specifieke wensen van klanten," aldus
Joop Roels.
"Onze onderzoekers zijn ervan overtuigd dat ze in de nabije toekomst de huidige "trial and error"-methoden kunnen verlaten en overgaan op een meer gestructureerde benadering op basis van genomica. Als gevolg daarvan zal de efficiency van een breed scala aan productieprocessen waarbij gebruik wordt gemaakt van fermentatie kunnen worden verbeterd, zodat de kosten lager worden en nieuwe en verbeterde producten versneld kunnen worden ontwikkeld. Wij voorzien grote voordelen voor onze klanten in de bakkerijsector en de fruitsap-, bier-, wijn-, zuivel-, nutraceutical- en veevoederindustrie."
Wim de Boer, Intellectual Asset Manager voor Life Science Products, vertelt vervolgens: "De voltooiing van de DNA-sequencing-fase van het Aspergillus niger genoomproject creëert nieuwe kansen voor het versterken en beschermen van DSM's technologische basis. We zijn ons er echter van bewust dat het genoom ook voor veel andere partijen in de industrie en de academische wereld zeer interessant is. Daarom stelt DSM zijn commerciële partners in de gelegenheid om tegen vergoeding gebruik te maken van de resultaten, binnen de bestaande licentie-overeenkomsten Daarnaast zal vanaf 1 januari 2001 een laagdrempelige regeling worden getroffen met academische instellingen, zodat ook zij toegang krijgen tot de resultaten."
Het succes dat DSM heeft geboekt bij de ontrafeling van de DNA-volgorde van A. niger staat niet op zichzelf. DSM was al eerder betrokken bij genomica-programma's, zoals het in kaart brengen van de genomen van Bacillus subtilis en bakkersgist, en het bepalen van de DNA-volgorde van de bacterie Propionibacterium freudenreichii, die in de zuivelindustrie wordt gebruikt. DSM werkte in het A. niger genoomproject samen met de Duitse bedrijven Gene Alliance (high-throughput DNA sequencing) en Biomax (bio-informatica) en met de universiteiten van Amsterdam (DNA micro-arrays) en Utrecht (proteomica).
DSM
DSM is een sterk geïntegreerd internationaal concern dat wereldwijd actief is in life science-producten, hoogwaardige kunststoffen, polymeren en industriële chemicaliën. DSM heeft een omzet van EUR 8,1 miljard en telt wereldwijd 22.000 medewerkers (ultimo 2000), werkzaam in meer dan 200 vestigingen. DSM wil in 2005 behoren tot de wereldtop op het gebied van specialties met hoge toegevoegde waarde, sterke groei en stabielere resultaten, met een omzet van EUR 10 miljard, waarvan minstens 80% wordt gerealiseerd in specialties met mondiale topposities. DSM Food Specialties maakt hoogwaardige ingrediënten voor de drank-, voedingsmiddelen- en veevoederindustrie.