Rijksuniversiteit Groningen
Promotie
Computersimulatie biochemische processen verder verbeterd
In het onderzoek naar biochemische processen is computersimulatie een
waardevol instrument. Een van de meest toegepaste methoden daarbij is
Moleculaire Dynamica (MD), een beproefde methode waarmee men al
twintig jaar ervaring heeft. MD berust op de klassieke
bewegingsvergelijkingen van Newton (F=ma). Een eenvoudig principe,
alleen jammer dat er zo veel termen zijn, want maakt het lastig om het
effectief toe te passen. Op het moment dat er sprake is van het breken
of het vormen van een chemische bindingen voldoet de klassieke
mechanica echter niet meer en moet de kwantummechanica van stal worden
gehaald. Dat is ook het geval bij protonoverdracht, een stap die in
veel enzymreacties snelheidsbepalend is. Density Matrix Evolution
(DME) of Surface Hopping zijn dan methoden om tot een kwantumdynamisch
beschrijving te komen. Marc Lensink vergeleek beide methoden en
concludeert dat met DME uitstekende resultaten bereikt kunnen worden.
Voor de omgeving van het proton, dat wil zeggen het eiwit en het
oplosmiddel, volstaat een klassiek beschrijving. Overigens tekent
Lensink aan dat de kwantumdynamische beschrijving vooralsnog veel tijd
en moeite kost en dat diverse aspecten nog grondig bediscussieerd
moeten worden. /JS
Marc Lensink (Amsterdam, 1972) studeerde scheikunde in Groningen. Het
onderzoek werd uitgevoerd bij de vakgroep Biofysische Chemie en
gefinancierd door Bioson. Lensink gaat door als post-doc bij het
Biocenter Oulu van de universiteit van Oulu, Finland.
Datum en tijd
dinsdag 12 maart 2002, 13.15 uur
Promovendus
M. F. Lensink, tel. +358 8 553 1139, fax +358 8 553 1161, e-mail:
marc.lensink@oulu.fi (werk),
Proefschrift
Non-adiabatic proton transfer in biomolecular systems
Promotor
prof.dr. H.J.C. Berendsen
Faculteit
wiskunde en natuurwetenschappen
Plaats
Aula Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen