Rijksuniversiteit Groningen
Eiwitvouwing veel sneller nabootsen
Bijna alles wat zich in een biologische cel afspeelt, gebeurt via
eiwitten. Toch is nog niet alles bekend over hoe eiwitten in de cel
gemaakt worden. De manier waarop ze zich opvouwen tot een
driedimensionale structuur - een cruciaal onderdeel in het
wordingsproces - valt bijvoorbeeld nog niet goed in een
computersimulatie na te bootsen. Eiwitten ontstaan in eerste instantie
als een lange draad. Die draad vouwt zich vervolgens op tot een
kluwen. Het wonderlijke is dat die kluwen, als we het over één bepaald
eiwit hebben, er bijna altijd precies hetzelfde uitziet. Ook als de
kluwen door voorzichtig verwarmen in een reageerbuis wordt losgeweekt
tot de draad, kleeft hij bij afkoeling weer tot precies dezelfde
kluwen in elkaar. Het probleem van de computersimulatie zit hem in de
chaotische, onoverzichtelijke dynamiek van alle atomen in de draad
terwijl die zich aan het opvouwen is. Om een eenvoudigere kijk op het
geheel te krijgen, heeft Anton Feenstra in zijn promotie-onderzoek
geprobeerd om patronen te ontdekken in de chaos. "In
computersimulaties lukt dat inderdaad," zegt hij, "en uit de
literatuur en uit eigen experimenten heb ik ook aanwijzingen gevonden
dat die patronen in echte eiwitten ook kunnen bestaan." Helemaal rond
is de zaak nog niet, maar Feenstra is er wel van overtuigd dat het
onderzoek de goede richting uitgaat. Door een afzonderlijk toe te
passen vereenvoudiging van de simulatiemethode wist hij de snelheid
ervan al driemaal te verbeteren. "Maar als deze methode eenmaal werkt,
zal de simulatie van de eiwitvouwing misschien nog eens tientallen
malen sneller gaan dan nu al het geval is." /JS
Ir. Anton Feenstra (1971, Zweden) studeerde Moleculaire Wetenschap in
Wageningen. Het promotieonderzoek werd uitgevoerd bij de vakgroep
Biofysische Chemie van de onderzoekschool GBB van de RUG. Feenstra
gaat door als postdoc bij de vakgroep Farmacochemie van de Vrije
Universiteit in Amsterdam.
Datum en tijd
vrijdag 5 juli 2002, 14.15 uur
Promovendus
ir. K.A. Feenstra, tel. (020)444 76 08, fax (020)444 76 10, e-mail:
feenstra@chem.vu.nl (werk)
Proefschrift
Long term dynamics of proteins and peptides
Promotores
prof.dr. H.J.C. Berendsen en prof.dr. A.E. Mark
Faculteit
wiskunde en natuurwetenschappen
Plaats
Aula Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen
Promotie