wittenberg : "diversity arrays technology (dart): een schot in de
roos"
Ir. A.H.J. Wittenberg : "Diversity
Arrays Technology (DArT): een schot in de roos"
16 mrt 2007 13:30
Onderdeel: Wageningen Universiteit
Locatie: Aula, gebouw 362, Gen. Foulkesweg 1, Wageningen
Organisatie: Wageningen Universiteit
Promotor: prof.dr. R.G.F. Visser (Pers. hgl. bij het lab. voor
Plantenveredeling)
Co-Promotor: Dr.ir. H.J. Schouten, Dr. T.A.J. van der Lee
Diversity Arrays Technology (DArT): een schot in de roos
Het opsporen van verschillen in DNA-sequentie, ook wel merkers
genoemd, tussen verwante organismen vormt de basis voor veel genetisch
onderzoek. Er zijn veel methoden om merkers op te sporen en te scoren.
Bestaande merkermethoden hebben echter een aantal beperkingen. Ze
kunnen slechts een gering aantal merkers tegelijk bepalen, of vooraf
is DNA-sequentieïnformatie noodzakelijk. Ook zijn ze vaak relatief
duur. De nieuw ontwikkelde merkermethode Diversity Arrays Technology
(DArT) is een op microarray gebaseerde methode en heeft deze
beperkingen niet. De methode levert snel en goedkoop grote aantallen
zeer betrouwbare merkers. Dat bleek tijdens bij het maken van twee
hoge-dichtheidskaarten voor de schimmel Mycosphaerella graminicola, de
veroorzaker van de bladvlekkenziekte in tarwe. M.b.v. DArT konden ruim
2000 merkers op de chromosoomkaarten geplaatst worden. De merkers zijn
gesequenced en hebben geholpen bij de assemblage van de complete
genoomsequentie van deze schimmel. Mede hierdoor is M. graminicola nu
de eerste schimmel waarvan een volledige genoomsequentie van telomeer
tot telomeer beschikbaar is. De keuze voor de toepassing van DArT in
de schimmel M. graminicola was dan ook een schot in de roos.
Titel proefschrift: "Genetic mapping using the Diversity Arrays
Technology (DArT) â Application and validation using the whole-genome
sequences of Arabidopsis thaliana and Mycosphaerella graminicola"
Zie het origineel
Directe internet uitzending van de promotie
Wageningen Universiteit