Dynamic software infrastructures for the life sciences
Datum: 15 februari 2008
Biomedische gegevens beter toegankelijk
Morris A. Swertz beargumenteert in zijn proefschrift dat `een kleine
computertaal' en een `generator software tool' samen een oplossing
kunnen bieden om de zeer grote hoeveelheden biomedische data beter
toegankelijk, analyseerbaar en uitwisselbaar te maken. Complexe
(genetische) ziekten kunnen er beter mee worden onderzocht.
Standaard software is onvoldoende
Onderzoek aan dergelijke data is tot op heden moeilijk omdat
onderzoeksgroepen vaak hun eigen software moeten ontwikkelen of
bestaande software moeten aanpassen, om aan hun specifieke
onderzoeksbehoeften tegemoet te komen. Zij moeten als het ware het
(software) wiel steeds opnieuw uitvinden. In het verleden zijn al vaak
initiatieven genomen om zulke software te standaardiseren, maar dat is
onvoldoende gebleken. De oplossing ligt `beyond standardization'.
Massaproductie op maat
Voorgesteld wordt om met `de kleine computertaal' maatwerk-software
samen te stellen uit een menu van herbruikbare bouwstenen om
vervolgens met `de generator tool' de gewenste software automatisch te
laten bouwen (Nature Reviews Genetics, maart 2007). Met deze
`massaproductie op maat' zijn aanpassingen snel te realiseren en wordt
het beter mogelijk bij te blijven in het zich snel voortschrijdend
onderzoeksveld van de levenswetenschappen.
Uitwisselbaar
Swertz beschrijft voorbeelden van dergelijke software waaronder het in
Groningen ontwikkelde MOLGENIS. Nieuw gegenereerde bouwstenen zijn
uitwisselbaar zodat andere laboratoria ze ook snel kunnen inpassen.
Bovendien vereenvoudigt het hergebruik van bouwstenen de uitwisseling
van data tussen onderzoeksgroepen. In het proefschrift worden onder
andere software infrastructuren voor laboratoriumwerk, voor analyse
van grote moleculaire datasets en voor klinische studies gegeven.
Een online showcase is beschikbaar op:
http://gbic.biol.rug.nl/supplementary/2006/molgenis_showcase
Morris Swertz (Utrecht, 1976) studeerde technische bedrijfskunde in
Groningen. Het onderzoek werd uitgevoerd bij het Groningen
Bioinformatics Centre en gefinancierd door NWO.
Datum en tijd: 15 februari 2008, 13.15 uur
Promovendus: M.A. Swertz
Proefschrift: Dynamic software infrastructures for the life sciences
Promotor(es): prof.dr. R.C. Jansen en prof.dr. E.O. de Brock
Faculteit: wiskunde en natuurwetenschappen
Plaats: Aula Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen
Informatie: M.A. Swertz, tel. 050-363 8091, e-mail: m.a.swertz@rug.nl
Rijksuniversiteit Groningen