Vrijgegeven sequentie
aardappelgenoom leidt wereldwijd tot kortere veredelingsperiode
23 sep 2009
Onderdeel: Potato Genome Sequencing Consortium (PGSC)
Het Potato Genome Sequencing Consortium (PGSC) heeft het eerste
concept van de samenstelling van het aardappelgenoom vrijgegeven. Dit
kan een revolutie betekenen voor de aardappelveredelingsprogrammaâs
over de hele wereld. De nu vrijgegeven aardappelgenoomsequentie maakt
het voor veredelaars waarschijnlijk mogelijk de periode van 10-12 jaar
die nu nog nodig is voor het kweken van nieuwe aardappelrassen, flink
in te korten.
Het consortium begon drie jaar geleden aan dit project. Het huidige
resultaat, een 'genetische blauwdruk' van de aardappel geeft
wetenschappers de mogelijkheid te zien hoe de aardappel groeit en zich
vermeerdert. Dit zal hen in staat stellen opbrengst, kwaliteit,
voedingswaarde en ziekteresistentie van aardappelrassen versneld te
verbeteren. Het eerste concept van de samenstelling en een complete
notatie is te vinden op www.potatogenome.net.
De aardappel, een belangrijk lid van de familie van de Solanaceae, is
nauw verwant aan tomaat, diverse pepersoorten en aubergine. Het is het
op twee na belangrijkste gewas ter wereld en het belangrijkste
groentegewas.
Het PGSC is een consortium voor de sequentiebepaling van het
aardappelgenoom en bestaat uit een internationale groep
wetenschappers. Het PGSC werd in januari 2006 opgericht door de groep
Plantenveredeling van Wageningen Universiteit & Research Centre en
heeft zich ontwikkeld tot een wereldwijd consortium van
onderzoekgroepen uit 14 landen.
Â
Het aardappelgenoom heeft 12 chromosomen met een geschatte omvang van
840 miljoen basenparen. Aanvankelijk paste PGSC een benadering toe
waarbij het werk aan elk lid werd toebedeeld op basis van chromosomen
en richtte men zich op de diploïde lijn RH89-039-16 (RH) van de
veredelde aardappel Solanum tuberosum. Gedurende de laatste twee jaar
kwamen de Next Generation Sequencing (NGS) technologieën sterk op,
wat leidde tot een verandering van de aanpak binnen het PGSC en in
2008 werd het sequentiebepaling van het dubbele monoploïde DM1-3
516R44 (DM), afkomstig van een diploïd landras van Solanum tuberosum,
in gang gezet als aanvullend project op de sequentiebepaling van RH.
In juni 2009 kwamen de leden van het PGSC samen in Carlow in Ierland
voor de planning van de afsluitende fases van het project.
Momenteel is het PGSC bezig met de afronding van de sequentiegegevens
van zowel RH als DM. Einddoel is de beschikbaarheid van een
hoogwaardige concept-sequentie van deze beide aardappellijnen aan het
eind van 2009. Momenteel is de genoomdekking meer dan 70X, gebruik
makend van een combinatie van gegevens die werden gegenereerd met
gebruikmaking van drie verschillende sequentieplatforms, waaronder
twee van de NGS Platforms. Deze samenstelling, die 95% van de genen in
aardappel dekt, werd mogelijk door een nieuw ontwikkelde algoritme
voor genoomsamenstelling door het Beijing Genomics Institute, een van
de leden van het PGSC uit China.
De eerste concept-samenstelling is nu voor iedereen beschikbaar. De
komende zes maanden zullen updates worden gemaakt naarmate er
aanvullende gegevens worden gegenereerd, inclusief annotatie van de
genen, identificatie van het transcriptom en analyse van genen die
bepalend zijn voor de productie van de aardappel.
De oprichting van het PGSC-Netherlands is gefinancierd door de
Technologiestichting STW, Fonds Economische Structuurversterking
(FES), het Netherlands Genomics Initiative (NGI). Daarnaast wordt het
PGSC gefinancierd door Wageningen UR en de ministeries van Economische
Zaken en Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit.
Â
Contact
Meer informatie:
Christian Bachem
0317 - 482854
christian.bachem@wur.nl
LEI