Universiteit van Amsterdam
Nieuwe simulatiemethoden voor studie naar effecten op signaleringssystemen
Promotie Biologie
dinsdag 3 november, 10.00 uur
Bacteriën zijn aanpasbare meercellige organismen die overal voorkomen. Het is cruciaal voor het voortbestaan van het organisme om te reageren op veranderingen in de omgeving door interne processen te activeren, zodat ze zich aan kunnen passen aan de nieuwe condities. Omdat bacteriën zo klein zijn, hebben ze zich zodanig ontwikkeld dat ze maximaal gebruik kunnen maken van hun minimale bronnen. Vaak hebben ze aan een systeem dat slechts bestaat uit twee types moleculen genoeg. Een voor het opvangen van externe signalen, het ander voor het transporteren van informatie naar, in dit geval, de genen. Jordi Vidal Rodríguez onderzocht met behulp van computersimulaties hoe de ruimtelijke organisatie van zintuiglijke moleculen en het mechanisme om de activatie of verhindering van genen te controleren afhankelijk kan zijn van efficiëntiebeperkingen. Hij bekeek dit in termen van signaleringstijd, de periode die verstrijkt vanaf het moment dat het externe signaal is waargenomen tot het bedoelde gen actief is. Vidal Rodríguez concludeert dat de juiste volgorde van genen wordt opgegeven voor een gunstiger aantal, met als voordeel het beschermen van een korte reactietijd en een verminderd gebruik van bronnen om moleculen te maken. In de gevallen dat de volgorde niet gunstig is, leek de lengte van de genen zich te hebben ontwikkeld om de bias te compenseren en de afwijking van de optimale ratio te minimaliseren.
Dhr. J. Vidal Rodríguez: Stochaticity in Signal Transduction Pathways. Promotor is dhr. prof. dr. P.M.A. Sloot.
Locatie: Agnietenkapel, Oudezijds Voorburgwal 231, Amsterdam.