Computational genomics of prokaryotes
Datum: 11 december 2009
Promotie: E.J. Blom, 14.45 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5,
Groningen
Proefschrift: Computational genomics of prokaryotes
Promotor(s): prof.dr. O.P. Kuipers, prof.dr. J.B.T.M. Roerdink
Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen
Het gebruik van DNA microarray chips levert grote hoeveelheden
gegevens op over expressiepatronen van genen. Evert-Jan Blom deed
onderzoek naar de ontwikkeling van programma's voor de analyse en
visualisatie van deze genexpressie-informatie.
Hij ontwikkelde hiervoor diverse applicaties, variërend van
functionele verrijkinganalyses, identificatie en visualisatie van
regulatoire elementen, annotatie van clusteringresultaten en
functievoorspellingen voor genen met onbekende functies met behulp van
genexpressie gegevens. Dit is belangrijk omdat deze gegevens
onderzoekers in staat stellen om biologische vragen vanuit een
functioneel en regulatoir perspectief te benaderen. Hoewel de
toepassing van DNA microarrays ruim vertegenwoordigd is in
verschillende onderzoeksgebieden, blijft de analyse van de verkregen
gegevens nog steeds een uitdaging.
Ook beschrijft Blom in zijn proefschrift de resultaten van de analyse
van een grote tijdserie-dataset van de modelbacterie B.subtilis met
behulp van de eerder beschreven tools. De meest opmerkelijke
ontdekking met zijn analyse is het ontstaan van stress tijdens de
overgangen tussen de verschillende groeifasen. Deze stressreacties
worden niet veroorzaakt door externe prikkels of kunstmatig
veroorzaakte stressomstandigheden, maar komen van nature voor tijdens
de groeifasen van B. subtilis.
Evert-Jan Blom (Delfzijl, 1978) studeerde biologie aan de
Rijksuniversiteit Groningen, waar hij zijn promotieonderzoek deed bij
de vakgroep Moleculaire Genetica. Het onderzoek werd gefinancierd door
NWP-BMI. Inmiddels werkt hij bij Keygene, als bioinformatica
researcher bij de Lead discovery afdeling.
Laatst gewijzigd: 27 november 2009 10:32
Rijksuniversiteit Groningen