Vrije Universiteit Amsterdam

Vergelijken van bouwstenen van het leven


* Startdatum: 15-01-2010


* Tijd: 13.45


* Locatie: Aula


* Titel: Vergelijken van bouwstenen van het leven


* Spreker: W.A. Pirovano


* Promotor: prof.dr. J. Heringa


* Onderdeel: Faculteit der Exacte Wetenschappen


* Wetenschapsgebied: Exacte wetenschappen


* Evenementtype: Promotie

Walter Pirovano presenteert de resultaten van zijn promotieonderzoek naar geautomatiseerde methodes om eiwitten met elkaar te vergelijken en te analyseren.
Dat er grote aandacht die over de afgelopen jaren aan dit veld is geschonken komt doordat het vergelijken van eiwitten een cruciale rol speelt in het toekennen van functies. De vergelijking van DNA en eiwit sequenties gebeurt met een techniek genaamd multiple sequence alignment en wordt veelvuldig gebruikt om sequenties te analyseren. De complexiteit van de informatie die ligt op het DNA en eiwitten is echter nog lang niet doorgrond. Er zijn dan ook nog veel mogelijkheden tot verbetering van zowel multiple sequence alignment methodes zelf als de analyse van alignments.

Eerst beschrijft Pirovano de belangrijkste verbeteringen van het veelvuldig gebruikte eiwit multiple alignment programma PRALINE (www.ibi.vu.nl/programs/pralinewww) door middel van de integratie van voorspelde structurele elementen. Aangezien de structuur van een eiwit beter geconserveerd blijft dan zijn sequentie, ontwikkelde hij een strategie om deze voorspelde informatie als leidraad te gebruiken tijdens het maken van het alignment.

Ook deed Pirovano uitgebreid onderzoek naar de interpretatie van multiple sequence alignments met betrekking tot de functionele analyse van eiwit-subfamilies. Hiertoe ontwikkelde hij de Sequence Harmony methode om vanuit alignments aminozuurresiduen te voorspellen die bepalend zijn voor de specificiteit. Deze kunnen op hun beurt een verklaring geven voor functionele verschillen tussen eiwit-subfamilies. (www.ibi.vu.nl/programs/pralinewww).

Tenslotte voerde Pirovano twee studies uit naar de betekenis en algemene interpretatie van multiple sequence alignments. In het bijzonder spitste hij zich toe op de relatie tussen sequence alignment en structurele variabiliteit van eiwitten.

© Copyright Vrije Universiteit Amsterdam