Vrije Universiteit Amsterdam
Metagenomische analyse van Acidobacteria en Verrucomicrobia
* Startdatum: 18-01-2010
* Tijd: 15.45
* Locatie: Aula
* Titel: Metagenomische analyse van Acidobacteria en Verrucomicrobia
* Spreker: A. Kielak
* Promotor: prof.dr. G.A. Kowalchuk prof.dr. J.A. van Veen
* Onderdeel: Faculteit der Aard- en levenswetenschappen
* Wetenschapsgebied: Aard- en levenswetenschappen
* Evenementtype: Promotie
Enkele van de meest voorkomende bacteriesoorten in de bodem behoren
tot de taxonomische groepen Acidobacteria en Verucomicrobiales.
Ondanks de beperkte informatie over deze twee groepen, en in het
bijzonder over hun rol in de globale bio-geochemische kringlopen,
duidt hun grote verspreiding en diversiteit op een mogelijk
belangrijke ecologische rol.
Het doel van Kielaks onderzoek is het verkrijgen van informatie over
het genomisch potentiaal van uit de bodem afkomstige Acidobacteria en
Verucomicrobiales door gebruik te maken van een kweekonafhankelijke
benadering, namelijk metagenomics.
Kielak onderzocht de aanwezigheid van Acidobacteria en
Verrucomicrobia. De samenstelling van de vegetatie lijkt daarop geen
significant effect te hebben. Verder vond zij verschillen in de
diversiteit van acidobacteriële sequenties die geïsoleerd zijn via
verschillende isolatiemethoden.
Een fosmide metagenomische bank met 28,800 klonen analyseerde Kielak
op het voorkomen van uit Acidobacteria- en Verrucomicrobia soorten
afkomstige DNA-fragmenten door te zoeken naar specifieke 16S rRNA
sequenties in deze fragmenten. Deze klonen zijn volledig gesorteerd en
de daarop liggende genen geannoteerd. De analyse van deze
genoomfragmenten leverde een glimp op van het functioneel potentieel
van de in de bodem levende soorten die tot de Acidobacteria en
Verrucomicrobia behoren, en het vormt een uniek dataset die voor
toekomstige vergelijkende genomische analyses beschikbaar is.
© Copyright Vrije Universiteit Amsterdam