The effect of environment on peptide and protein folding: a molecular
dynamics study
Datum: 26 maart 2010
Promotie: Y. Xue, 16.15 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5, Groningen
Proefschrift: The effect of environment on peptide and protein
folding: a molecular dynamics study
Promotor(s): prof.dr. A. Mark
Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen
Moleculaire dynamica van eiwitvouwing
Het onderzoek van Ying Xue richt zich op het begrijpen van
omgevingsinvloeden op de vouwing van peptiden en eiwitten. Door middel
van moleculaire dynamica (MD)-simulaties in 'expliciet water' (een
bepaald MD-model van het watermolecuul) is in detail geanalyseerd
welke omstandigheden eiwitvouwing bevorderen danwel hinderen.
In eerste instantie is onderzocht in hoeverre het krachtenveld in
staat is de vouwingsdynamica van een aantal korte peptiden in water te
reproduceren. Uit deze simulaties bleek dat de conformationele
eigenschappen goed gereproduceerd worden maar dat de vouwingstijden in
de simulaties aanzienlijk korter zijn dan de waarden die uit
experimentele waarnemingen geschat worden. Als onderdeel van dit deel
van het onderzoek werd een nieuwe set torsiepotentialen ontwikkeld die
een betere overeenkomst tussen simulatie en gegevens uit
röntgenverstrooiingsexperimenten opleveren.
In het tweede deel van het onderzoek werd gepoogd het effect van de
chaperonne GroEL op de vouwing van peptiden en eiwitten na te bootsen
door de polariteit van oplosmiddel en verdere omgeving te veranderen.
In de cel faciliteren chaperonnes zoals GroEL de vouwing van eiwitten
en peptides op een energieafhankelijke manier.De simulaties lieten
zien dat het mogelijk was de vouwingssnelheid van korte peptiden
alsmede een klein eiwit vanuit thermisch ontvouwen toestanden te
vergroten. Tenslotte is de invloed van grenslagen op het vouwen van
peptiden onderzocht door te kijken naar het effect van
polyethyleenglycol (PEG) spacers op de conformationele eigenschappen
van korte peptiden en op de grenslaagstructuur van zelfassemblerende
schakelbare peptidesurfactanten.
Ying Xue (China, 1977) studeerde Fluid Mechanics aan de Beijng
University of Technology. Het onderzoek werd uitgevoerd de afdeling
Biophysical Chemistry van de RUG in samenwerking met de University of
Queensland (Australië) en gefinancierd door NWO.
Laatst gewijzigd: 16 maart 2010 09:25
Rijksuniversiteit Groningen