Vrije Universiteit Amsterdam

Computationele modellen voor transcriptionele netwerken


* Startdatum: 22-11-2010


* Tijd: 13.45


* Locatie: Auditorium


* Titel: Computational Statistics for the Identification of Transcriptional Gene Regulatory Interactions


* Spreker: G. Geeven


* Promotor: prof.dr. M.C.M. de Gunst


* Onderdeel: Faculteit der Exacte Wetenschappen


* Wetenschapsgebied: Exacte wetenschappen


* Evenementtype: Promotie

Sinds het einde van de vorige eeuw is de systematische studie van biologische netwerken sterk in opkomst. Hedendaagse biologische experimenten genereren grote hoeveelheden data. Het analyseren van deze data met als doel meer inzicht te krijgen in de onderliggende biologische processen, vereist de ontwikkeling van nieuwe concreet toepasbare statistische methoden. Geert Geeven ontwikkelde computationele en statistische methoden die gebruikt kunnen worden om netwerken van interacties tussen transcriptiefactoren en genen te identificeren.

Ieder gen bevat een unieke code die bepaalt hoe een specifiek eiwit opgebouwd moet worden. Eiwitten zijn van essentieel belang voor de opbouw en het functioneren van cellen. Omdat in verschillende typen cellen verschillende eiwitten moeten worden aangemaakt, hebben cellen mechanismen om naar behoefte bepaalde genen te activeren of te deactiveren. Interacties tussen DNA bindende transcriptiefactoren en genen die ze activeren (tot expressie brengen), of juist deactiveren, vormen een complex netwerk. Inzicht in deze netwerken is van fundamenteel belang om te begrijpen hoe cellen de expressie van genen reguleren en kunnen reageren op veranderende omstandigheden.

Geeven verschaft inzicht door analyse van data verkregen uit zenuwregeneratie-onderzoek in het netwerk van transcriptiefactoren en genen die betrokken zijn bij zenuwregeneratie. Door toepassing van de methodes op data uit een klinisch relevant model voor zenuwregeneratie zijn we in staat nieuwe, computationele voorspellingen van transcriptionele interacties te doen die potentieel belangrijk zijn voor robuuste zenuwuitgroei.

© Copyright Vrije Universiteit Amsterdam