28.000 structurele variaties in menselijk DNA ontdekt
Een grote internationale groep onderzoekers heeft 28.000 structurele
variaties in het menselijk DNA ontdekt en geanalyseerd. Hiermee kunnen
erfelijke ontstaansfactoren van ziekten worden opgespoord. Dit staat 3
februari in Nature. Kai Ye (LUMC) is de enige Nederlandse auteur.
Slechts één letter verschil
Tot voor kort concentreerden genoomonderzoekers zich op het vinden van
zogenoemde SNPâs (single-nucleotide polymorphisms) in het genoom.
Hierbij verschilt van persoon tot persoon slechts één letter van het
DNA. Maar er zijn veel meer veelvoorkomende verschillen tussen
individuen mogelijk, zo weten we nu: letters of letterclusters van het
DNA kunnen ook zijn weggevallen, verdubbeld, ingevoegd of omgedraaid.
Vinden van genetische oorzaken
De nieuwe kennis over structurele genetische verschillen tussen
personen kan bijdragen aan het vinden van genetische oorzaken van nog
niet verklaarde ziekten of van aanleg voor ziekten. Maar ook werpt hij
licht op andere raadsels, zoals de vraag waarom sommige delen van het
genoom sneller muteren dan andere.
Aan verschillende variaties liggen verschillende moleculaire processen
ten grondslag, zo ontdekten de onderzoekers. Stukjes DNA lopen
bijvoorbeeld het risico weg te vallen op plekken waar het DNA
gemakkelijk breekt.
âDe landscap van structurele variaties is hiermee voor het eerst op het
niveau van populaties onder de loep genomen,' aldus Dr Kai Ye werkzaam
bij de moleculaire epidemiologieafdeling van het Leiden University
Medical Centre (LUMC). âVoorheen zijn alleen de genomen van individuen
onderzocht. In deze studie hebben we een enorme hoeveelheid structurele
variaties in Afrikaanse, Asiatische en Europese populaties kunnen
ontdekken.'
Deze nieuwe kennis over structurele genetische verschillen tussen
individuen kan bijdragen aan het identificeren van genetische oorzaken
van ziektes waar er nog geen verklaring voor is. Of waarom bepaade
mensen vatbaar zijn voor bepaalde ziektes. Maar het werpt ook licht op
andere vragen, zoals waarom delen van de genoom sneller muteren dan
andere.
51 hotspots
De onderzoekers hebben 51 hotspots gevonden waar bepaalde SVâs vaak
voorkomen. Deze stukken DNA werden al in verband gebracht met bepaalde
aangeboren aandoeningen, zoals het Miller-Dieker syndroom, een
hersenaandoening.
1000 Genomes Project
Het onderzoek vond plaats in het kader van het 1000 Genomes Project,
gelanceerd in 2008. Dit is een wereldwijd consortium van onderzoekers
van meer dan 75 universiteiten en bedrijven dat structurele variaties
(SVâs) sequencet in specifieke regionen van het menselijk genoom. Voor
het onderzoek werd de volgorde van 185 menselijke genomen onderzocht.
Conventionele methoden, geschikt voor het detecteren van SNPâs, waren
niet toereikend. 57 wetenschappers van 26 instellingen, waaronder het
LUMC, analyseerden het materiaal met 19 nieuwe computerprogrammaâs en
strategieën.
Links
* Lees het artikel in Nature 3 februari 2011
* Persoonlijke pagina van Kai Ye
* Geneeskunde studeren in Leiden, bachelor en master
Â
(2 februari 2011 / Hilje Papma)
Universiteit Leiden