Protein structure and dynamics by NMR: synergy between biochemistry and pulse
sequence design
Datum: 18 maart 2011
Promotie: dhr. R. Otten, 11.00 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5,
Groningen
Proefschrift: Protein structure and dynamics by NMR: synergy between
biochemistry and pulse sequence design
Promotor(s): prof.dr. B. Poolman
Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen
Nieuwe NMR-methoden voor eiwit-onderzoek
Eiwitten zijn de moleculaire machientjes in een cel, die betrokken zijn
bij vrijwel alle belangrijke (chemische) processen. Om de werking van
een eiwit te begrijpen is naast het ontrafelen van de driedimensionale
structuur ook het bestuderen van de bewegelijkheid van zo'n molecuul
van groot belang.
Het onderzoek dat wordt beschreven in het proefschrift van Renee Otten
richt zich op de ontwikkeling van kernspinresonantie (nuclear magnetic
resonance, NMR) methoden om de structuur en dynamica van eiwitten te
onderzoeken. Daarbij wordt gebruik gemaakt van de combinatie van
biochemische labeling methoden en nieuwe NMR experimenten.
Onderzoek heeft uitgewezen dat aminozuren met een methylgroep in de
zijketen interessant zijn omdat deze groepen belangrijke informatie
bevatten over de structuur en dynamica van eiwitten. Otten laat zien
dat de beschreven methodiek geschikt is voor het bestuderen van de
structuur en dynamica van grotere eiwitten (tot ~40 kDa). Daarnaast
demonstreert hij de kracht van NMR spectroscopie bij het karakteriseren
van (intrinsiek) ontvouwen, maar functionele eiwitten. Deze groep van
eiwitten is lastig te bestuderen vanwege hun grote flexibiliteit, maar
NMR is hiervoor verreweg de meest geschikte techniek. Een nieuw
experiment wordt beschreven voor het meten van koppelingsconstanten,
die belangrijke informatie verschaffen over de lokale structuur van het
eiwit. Dit proefschrift laat zien dat de synergie zien tussen biochemie
en de ontwikkeling van experimenten van essentieel belang is voor de
verdere ontwikkeling van NMR spectroscopie.
Renee Otten (Heerenveen, 1980) studeerde scheikunde in Groningen. Het
onderzoek werd uitgevoerd bij vakgroep Moleculaire Dynamica. Otten gaat
verder met onderzoek als postdoc aan de Brandeis University in Boston,
VS.
Laatst gewijzigd: 08 maart 2011 10:56
Rijksuniversiteit Groningen