Optimized data processing algorithms for biomarker discovery by LC-MS
Datum: 11 mei 2011
Promotie: mw. C. Christin, 11.00 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5,
Groningen
Proefschrift: Optimized data processing algorithms for biomarker
discovery by LC-MS
Promotor(s): prof.dr. R.P.H. Bischoff, prof.dr. A.G.J. van der Zee,
prof.dr. A.K. Smilde
Faculteit: Medische Wetenschappen
Bijdrage aan interpretatie gegevens geavanceerde chromatografie LC-MS
In medisch onderzoek wordt in toenemende mate gebruik gemaakt van
chromatografie - massaspectrometrie (LC-MS), een geavanceerde vorm van
chromatografie. Hiermee kunnen onder andere ziekteverwekkers in
lichaamsmateriaal worden opgespoord. Doordat de gebruikte apparatuur
steeds gevoeliger wordt, wordt het steeds ingewikkelder
onderzoeksresultaten te analyseren.
Promovenda Christin onderzocht hoe complexe LC-MS chromatogrammen beter
kunnen worden uitgelijnd. Ze verklaart de combinatie van de
uitlijnalgoritmen (Correlation Optimized Warping, Parametric Time
Warping en Dynamic Time Warping) met Component Detection Algorithm, om
de oorspronkelijke methoden te verbeteren die gebruik maken van het
totaal ion chromatogram. Een probleem in het LC-MS-onderzoek is dat het
te veel variabelen kan opleveren. In haar proefschrift bespreekt
Christin een studie waarin een aantal selectiemethoden voor variabelen
met elkaar vergeleken wordt, en test ze de toepasbaarheid van de
methoden op eigen labresultaten.
Christin (Tangerang, Indonesië, 1981) studeerde bio-informatica in
Zweden. Ze verrichtte haar onderzoek aan de afdeling Farmacie van de
Faculteit Wiskunde en Natuurwetenschappen van de RUG. Het onderzoek
werd medegefinancierd door het Netherlands Bioinformatics Center
(NBIC). Christin werkt inmiddels als onderzoeker in het AMC, Amsterdam.
Laatst gewijzigd: 03 mei 2011 11:24
Rijksuniversiteit Groningen