Regulation of antibiotic production by ncRNA and signaling molecules in
Streptomyces coelicolor
Datum: 20 mei 2011
Promotie: dhr. D. D'Alia, 14.45 uur, Academiegebouw, Broerstraat 5,
Groningen
Proefschrift: Regulation of antibiotic production by ncRNA and
signaling molecules in Streptomyces coelicolor
Promotor(s): prof.dr. L. Dijkhuizen, prof.dr. E. Takano
Faculteit: Wiskunde en Natuurwetenschappen
Niet-coderende RNAs bruikbaar om eiwitproductie in bacteriële cellen te
controleren
Voor het eerst beschrijft promovendus Davide d'Alia een functioneel
ncRNA in Streptomyces en impliceert hij een algemene functie voor
niet-coderende transcripten in bacteriële cellen. Met zijn studie toont
hij aan dat de `ncRNA-methode' inderdaad kan worden gebruikt als een
nieuwe techniek om eiwitproductie in bacteriële cellen te controleren.
Niet-coderende RNAs (ncRNAs), een klasse van DNA transcripten zonder
enig eiwitcoderende potentie, zijn recentelijk ontdekt als regulatoren
van eiwittranslatie door te binden aan het complementaire messenger RNA
(mRNA) molecuul. ncRNAs worden beschouwd als essentiële regulatoren die
betrokken zijn bij diverse cellulaire processen zoals virulentie,
celcommunicatie en secundaire metabolietproductie.
Door middel van computeranalyse ontdekte d'Alia een groot aantal ncRNAs
die overlap hebben met eiwitcoderende genen in de
antibioticaproducerende bacterie Streptomyces coelicolor. Een van deze
ncRNAs, die de productie van het enzym glutaminesynthetase I (GSI)
reguleert, werd door hem in meer detail bestudeerd. Hij introduceerde
meerdere kopieën van het GSI ncRNA, wat resulteerde in een afname van
de hoeveelheid GSI, en een drastisch verminderde groei en
antibioticaproductie.
Om aan te tonen dat kunstmatig geproduceerde ncRNAs kunnen worden
ingezet als methode om eiwitproductie in de cel te manipuleren,
vergelijkbaar met het eukaryoot RNA-interferentiemechanisme,
introduceerde d'Alia verschillende ncRNA-varianten die gericht zijn
tegen het mRNA dat codeert voor het regulatoreiwit ScbR. De
aanwezigheid van meerdere kopieën van deze ncRNAs leidde tot een sterke
afname in de hoeveelheid geproduceerd ScbR-eiwit in de cel.
Davide d'Alia (Italië, 1982) studeerde biologie aan de universiteit van
Palermo. Zijn promotieonderzoek deed hij aan de Rijksuniversiteit
Groningen, bij de afdeling Microbiologie van het Groningen Biomolecular
Sciences and Biotechnology Institute. Het werd gefinancierd met een
Ubbo Emmiusbeurs van de RUG. Momenteel werkt hij op de afdeling verkoop
van Life Technologies.
Laatst gewijzigd: 10 mei 2011 10:02
Rijksuniversiteit Groningen