Vrije Universiteit Amsterdam
Ontdekkingsreis door de ruimte van fragmenten
* Startdatum: 20-09-2011
* Tijd: 13.45
* Locatie: Aula
* Titel: Virtual Agents for Human Communication: Emotion Regulation and
Involvement-Distance Trade-Offs in Embodied Conversational Agents
and Robots
* Spreker: G.E. de Kloe
* Promotor: prof.dr. R. Leurs
* Onderdeel: Faculteit der Exacte Wetenschappen
* Wetenschapsgebied: Exacte wetenschappen
* Evenementtype: Promotie
Het onderzoek naar een nieuw geneesmiddel begint in de farmaceutische
industrie vaak met het screenen van grote hoeveelheden liganden, die al
geneesmiddelachtige eigenschappen hebben. Een ligand is een molecuul of
een ion dat een vrij elektronenpaar heeft, dat gebruikt kan worden om
een binding te vormen met een metaal of een metaal-ionTienduizenden tot
wel een half miljoen stoffen worden getest op hun affiniteit bij één
concentratie. Vanwege de enorme `bibliotheken' met stoffen vraagt deze
methode om een uitgebreide infrastructuur en volledig geautomatiseerde
procedures. Vrij recent werd het idee geboren om kleinere liganden,
zogenaamde fragmenten, te screenen. Deze aanpak heeft een aantal
voordelen. De theoretische hoeveelheid liganden groeit exponentieel met
de hoeveelheid atomen van deze liganden. De zogenoemde `fragment
chemical space' is dus veel kleiner dan die van geneesmiddelachtige
stoffen. Een relatief kleine database van fragmenten zal deze kleinere
hoeveelheid theoretische fragmenten beter representeren dan de veel
grotere database van geneesmiddelachtige liganden de bijbehorende
chemical space representeert. Dit blijkt uit het proefschrift van
Gerdien de Kloe.
De kans wordt kleiner dat een ligand past in een bindingspocket
naarmate het ligand groter is. De kans dat er delen van dit ligand zijn
die niet (perfect) passen neemt aanzienlijk toe. Hoewel fragmenten vaak
lage affiniteiten hebben is de binding vaak heel efficiënt door een
perfecte fit. Een ander voordeel van fragmentgebaseerd onderzoek is dat
de methode minder afhankelijk is van middelen, zoals grote
stoffenbibliotheken en de benodigde infrastructuur, maar meer leunt op
ontwerp en ontwikkeling van kleinschalige maar gevoelige
screeningsmethodes. Hierdoor wordt de methode aantrekkelijk voor
universiteitsgroepen. De Kloe belicht de drie kernactiviteiten van de
FBDD-aanpak namelijk: de constructie en evaluatie van een
fragmentendatabase, de ontwikkeling van nieuwe screeningsmethodes voor
fragmenten en het optimaliseren en groeien van fragmenten.
© Copyright Vrije Universiteit Amsterdam