Vrije Universiteit Amsterdam

Ontdekkingsreis door de ruimte van fragmenten


* Startdatum: 20-09-2011


* Tijd: 13.45


* Locatie: Aula


* Titel: Virtual Agents for Human Communication: Emotion Regulation and Involvement-Distance Trade-Offs in Embodied Conversational Agents and Robots


* Spreker: G.E. de Kloe


* Promotor: prof.dr. R. Leurs


* Onderdeel: Faculteit der Exacte Wetenschappen


* Wetenschapsgebied: Exacte wetenschappen


* Evenementtype: Promotie

Het onderzoek naar een nieuw geneesmiddel begint in de farmaceutische industrie vaak met het screenen van grote hoeveelheden liganden, die al geneesmiddelachtige eigenschappen hebben. Een ligand is een molecuul of een ion dat een vrij elektronenpaar heeft, dat gebruikt kan worden om een binding te vormen met een metaal of een metaal-ionTienduizenden tot wel een half miljoen stoffen worden getest op hun affiniteit bij één concentratie. Vanwege de enorme `bibliotheken' met stoffen vraagt deze methode om een uitgebreide infrastructuur en volledig geautomatiseerde procedures. Vrij recent werd het idee geboren om kleinere liganden, zogenaamde fragmenten, te screenen. Deze aanpak heeft een aantal voordelen. De theoretische hoeveelheid liganden groeit exponentieel met de hoeveelheid atomen van deze liganden. De zogenoemde `fragment chemical space' is dus veel kleiner dan die van geneesmiddelachtige stoffen. Een relatief kleine database van fragmenten zal deze kleinere hoeveelheid theoretische fragmenten beter representeren dan de veel grotere database van geneesmiddelachtige liganden de bijbehorende chemical space representeert. Dit blijkt uit het proefschrift van Gerdien de Kloe.

De kans wordt kleiner dat een ligand past in een bindingspocket naarmate het ligand groter is. De kans dat er delen van dit ligand zijn die niet (perfect) passen neemt aanzienlijk toe. Hoewel fragmenten vaak lage affiniteiten hebben is de binding vaak heel efficiënt door een perfecte fit. Een ander voordeel van fragmentgebaseerd onderzoek is dat de methode minder afhankelijk is van middelen, zoals grote stoffenbibliotheken en de benodigde infrastructuur, maar meer leunt op ontwerp en ontwikkeling van kleinschalige maar gevoelige screeningsmethodes. Hierdoor wordt de methode aantrekkelijk voor universiteitsgroepen. De Kloe belicht de drie kernactiviteiten van de FBDD-aanpak namelijk: de constructie en evaluatie van een fragmentendatabase, de ontwikkeling van nieuwe screeningsmethodes voor fragmenten en het optimaliseren en groeien van fragmenten.
© Copyright Vrije Universiteit Amsterdam