Een internationaal team van onder meer Leidse onderzoekers heeft aangetoond dat er een verfijndere methode is om oude microbiomen te bestuderen. Dat helpt archeologisch onderzoek naar de effecten van Europese kolonisatie in de Caraiben. Publicatie in Nature Scientific Reports op 13 november.

Microbiomen voor een gezond lichaam

Het microbioom is een massa goede bacteriele cellen die in darmen, mond, vagina, neus en op de handen leven. Deze microbiele gemeenschappen zijn betrokken bij fundamentele biologische functies, zoals het metabolisme en het immuunsysteem. Tezamen dragen ze bij aan een gezond lichaam. Verstoringen in en de afname van het microbioom zouden de oorzaak kunnen zijn van het ontstaan van onder meer auto-immuunziekten en kanker.

Betrouwbaarder resultaten

Het onderzoek, waarin ook het Leidse ERC-Synergy-project Nexus1492 van archeologe prof.dr. Corinne Hofman participeerde, laat zien dat de combinatie van targeted amplification en sequencing van de variabele gebieden in het 16S rRNA-gen, een methode die algemeen gebruikt wordt voor reconstrueren van oude microbiomen in archeologisch materiaal als tandsteen, scheve resultaten produceert als die toegepast worden op oud DNA. De onderzoekers kregen betrouwbaarder uitkomst met de shotgun metagenomics-methode.

Effecten Europese kolonisatie ontrafelen

Hofman stelt dat dit onderzoek een cruciale bijdrage levert aan het multidisciplinair onderzoeksproject Nexus1492 dat is gericht op het ontrafelen van de effecten van de Europese kolonisatie van de inheemse bevolking van het Caribisch gebied. `Nu we de beste methode hebben gevonden om oude microbiomen te analyseren, kunnen we gaan kijken naar de veranderingen in levensgewoonten in het gebied.