29 april 2016 door Webredactie Communication

Onderzoekers van de TU Delft hebben een tool ontwikkeld waardoor kankerpatienten op een eenvoudige manier met elkaar vergeleken kunnen worden. Zodoende kan meer inzicht worden verkregen in verschillende vormen van kanker, wat helpt om therapie op maat aan te kunnen bieden. De onderzoekers hebben hun bevindingen gepubliceerd in Scientific Reports.

The Cancer Genome Atlas

Kanker is een complexe ziekte die veroorzaakt kan worden door verstoring van verschillende aspecten, zoals een verandering van het DNA. Een fijnmazige karakterisering van kankerpatienten helpt om therapie op maat aan te bieden. `The Cancer Genome Atlas' is een Amerikaans initiatief dat hierbij helpt en dat bij een groot aantal kankerpatienten verschillende moleculaire metingen uitvoert om een beter inzicht te krijgen in de verschillende vormen van kanker. Delftse onderzoekers, onder aanvoering van dr.ir. Erdogan Taskesen, hebben nu een tool ontwikkeld waardoor patienten op een eenvoudige manier met elkaar vergeleken kunnen worden. Zodoende kan meer inzicht worden gekregen in de verschillende vormen van kanker, die elk een ander ziekteverloop hebben.

19 Kankertypen

De Delftse onderzoekers hebben hun analyses toegepast op 4.434 patienten en voor 19 kankertypen. Ze bekeken vier moleculaire aspecten. De truc die de Delftse onderzoekers gebruikten, was om de grote hoeveelheid data slim te versimpelen zodat patienten als `punten' op een scherm getoond kunnen worden. De afstand tussen de patienten is gebaseerd op de vier verschillende soorten moleculaire informatie. Door de punten te kleuren aan de hand van informatie over de patienten, zoals ziekteverloop, of man/vrouw, kunnen kankerspecialisten groepen verder onderzoeken. Daarnaast kan ook specifieke moleculaire informatie weggelaten worden om de groepering vervolgens te bestuderen. Dit geeft de specialisten inzicht in de moleculaire mechanismen die betrokken zijn bij specifieke groepen van patienten. De Delftse onderzoekers hebben de tool MEREDITH genoemd en beschikbaar gemaakt via de website: http://pancancer-map.ewi.tudelft.nl/.

Leukemie en borstkanker

Met MEREDITH hebben de Delftse onderzoekers een onbekende groepering gevonden van leukemie-patienten, die nu door specialisten verder onderzocht kan worden. Voor borstkanker laten ze zien hoe de verschillende moleculaire informatie bijdraagt aan de groepering van de bekende subgroepen. Een andere interessante bevinding is dat sommige patienten een heel afwijkend moleculair profiel hebben en dat deze groep van patienten een zeer slechte prognose heeft. Met deze tool geven de Delftse onderzoekers kankerspecialisten een krachtig middel om verdere stappen te maken om meer maatwerk te introduceren in de behandeling van kankerpatienten.

Dit onderzoek stond onder leiding van prof. Marcel Reinders van The Delft Bioinformatics Lab.

Meer informatie

De publicatie `Pan-cancer subtyping in a 2D-map shows substructures that are driven by specific combinations of molecular characteristics' in Scientific Reports. De website van de afdeling Bioinformatics van de TU Delft.