Persberichten 2008
25 juli 2008
Onderzoekers UM en VS geven met WikiPathways biologen meer macht
Nieuw wetenschappelijk concept gepubliceerd in PLoS Biology
Voor de wetenschap is het haast onmogelijk geworden om de exponentiële
groei van kennis en informatie in de biologie bij te houden. Om alle
verzamelde data toegankelijk, actueel en beheersbaar te maken zal de
wijze waarop informatie wordt beheerd en uitgewisseld volledig op zijn
kop moeten. Onderzoekers van de Universiteit Maastricht en de
University of California San Fransisco hebben daarvoor WikiPathways
ontwikkeld; een biologische databank die door alle gebruikers wordt
beheerd èn becommentarieerd, net als de wereldwijd bekende Wikipedia
encyclopedie. Gisteren verscheen hun publicatie `WikiPathways: Pathway
editing for the people' in PLoS Biology, waarin de auteurs hun
inspanningen beschrijven.
Cellulaire processen en met name de rol van individuele genen en
eiwitten in die processen worden in de biologie omschreven in
`pathways'. Deze pathways geven inzicht op celniveau in de mechanismen
van gezonde en zieke organismen. Een pathway is samengesteld uit een
enorme hoeveelheid interacties, reacties en regelmechanismen. De
informatie die nodig is om zo'n pathway te construeren wordt verzameld
uit verschillende bronnen (publicaties en databanken). De kennis over
deze processen wordt stukje bij beetje opgebouwd door vele
onderzoekers en over een lange periode. De enorme taak om al die
informatie bij elkaar te brengen wordt veel makkelijker als de
gezamenlijke expertise van alle wetenschappers wordt ingezet. De
beschikbaarheid van zulke biologische pathways maakt het bovendien
mogelijk om de nieuwe kennis die het moderne genomics onderzoek
genereert beter te begrijpen: de data worden met speciaal ontwikkelde
software op pathways uit WikiPathways geprojecteerd en automatisch
geanalyseerd.
Met WikiPathways wordt die informatie verzameld en bewerkt, met een
extra tool om de pathways grafisch in kaart te brengen. Niet alleen de
toegankelijkheid, maar ook de kwaliteit van de kennis wordt hierdoor
verbeterd, omdat in een Wiki-model de verzamelde informatie continu
wordt becommentarieerd door vakgenoten. Zoals ook Wikipedia de manier
van denken over toegang, verzameling en beheer van informatie heeft
veranderd, zal door WikiPathways ook de biologische wetenschap
ingrijpend veranderen, zo beweren de auteurs.
Noot voor de pers:
Volledige titel van de publicatie (voor citatie): Pico AR, Kelder T,
van Iersel MP, Hanspers K, Conklin BR, Evelo C (2008) WikiPathways:
Pathway editing for the people. PLoS Biol 6(7):
e184.doi:10.1371/journal.pbio.0060184.
Link naar de publicatie:
http://biology.plosjournals.org/perlserv/?request=get-document&doi=10.
1371/journal.pbio.0060184
Voor meer informatie over de inhoud van dit persbericht kunt u terecht
bij Chris Evelo van het departement Bioinformatica Universiteit
Maastricht, tel. 043 388 1231, e-mail chris.evelo@bigcat.unimaas.nl
De afdeling Communicatie & Relatiebeheer van de UM is bereikbaar via
043 388 5222, e-mail pers@bu.unimaas.nl. Voor urgente zaken buiten
kantooruren: 06 4602 4992.
Universiteit Maastricht